Prologo

In seguito all'Operazione Stardust la Federazione ha creato una forza d’élite dedicata alla ricerca ed alla soppressione di gruppi di veterani di Zeon ed altri movimenti anti-federazione. Tale gruppo, denominato Titani, si dimostra ben presto non essere formati da altri che criminali assassini. Nell'anno 0085 dell'Era Spaziale le forze dei Titani, comandate dal Colonnello Bosque Om, sopprimono una dimostrazione politica di coloni spaziali nella colonia "Quartiere 30" di Side 1 (la 30a colonia di tale Side) tramite l'uso letale della forza; pompando gas nervino all'interno ed uccidendo quindi i 3 milioni di abitanti della colonia. Sebbene l'"incidente del Quartiere 30" venga insabbiato con successo, voci del massacro operato dai Titani si diffondono tra i gruppi di resistenza degli spaziali. L'A.E.U.G. ("Anti Earth Union Group", Gruppo Anti-Unione Terrestre), una forza paramilitare composta sia da militari federali rinnegati sia da veterani di Zeon, si dedica alla lotta contro l'oppressione dei Titani. Grazie all'aiuto di potenti compagnie industriali, in particolare la lunare Anaheim Electronics, questo gruppo di resistenza è in grado di mettere insieme una forza militare piccola ma ben equipaggiata. Nell'anno 0087 dell'Era Spaziale, l'A.E.U.G. compie la sua prima mossa, penetrando nella base dei Titani a Side 7 per controllare i rapporti secondo i quali un nuovo "progetto Gundam" è in corso.

Gryps

L'asso dei piloti A.E.U.G. Quattro Bajina (uno Char Aznable appena camuffato) guida un piccolo gruppo di ricognizione su Side 7. Mentre i suoi uomini controllano la colonia civile Green Noah 1, Quattro si infiltra sulla gemella industriale Green Noah 2 (recentemente ribattezzata "Gryps"). Dopo aver scoperto il nuovo prototipo di Mobile Suit dei Titani, il Gundam Mark II, Quattro ed i suoi compagni decidono di attaccare Green Noah 1. Nel frattempo Camille Vidan, il figlio di due ingegneri dei Titani, viene messo in stato di detenzione in seguito ad una rissa con un un pilota dei Titani, Jerid Messa. Quando l'A.E.U.G. lancia il proprio attacco, Camille riesce a sfuggire e ad appropriarsi di un Gundam Mark II, unendosi agli aggressori. I piloti di A.E.U.G. riescono a rientrare alla loro nave, l'Ahgama, con Camille e due Gundam catturati come prede. Bask Om, l'ufficiale comandante su Gryps è molto irritato dagli eventi. Usando i genitori di Camille come ostaggi riesce quasi a ricatturare Camille ed i mobile suit rubati. Il suo piano però si ritorce contro di lui e A.E.U.G. riesce non solo a riappropriarsi di tutti e tre i prototipi del Gundam Mark II e di Camille, ma anche a convincere alla defezione Emma Sheen, una valente pilota dei Titani. Comunque entrambi i genitori di Camille rimangono uccisi nell'azione.

Da Side 7 alla Luna

Ora che le ostilità sono aperte tra i Titani ed A.E.U.G., la Ahgama si allontana immediatamente da Side 7. A.E.U.G. pianifica un attacco su larga scala contro la base Federale di Jaburo, ora un centro di rifornimento per i Titani, e quindi la Ahgama si inserisce in orbita attorno alla Terra e fa scendere la specialista in spionaggio Reccoa Londo per controllare il territorio. La fermata successiva è al Quartiere 30, dove gli uomini di A.E.U.G. mostrano ad Emma i crimini commessi dai Titani. Qui Camille sconfigge l'asso dell'Esercito Federale Lyla Mira Lyla ed inizia a manifestare le sue poderose abilità newtype. La Ahgama prosegue in direzione della Luna dove, la nave viene rifornita, mentre i suoi ufficiali si riuniscono con i dirigenti delle compagnie che appoggiano A.E.U.G.. Nonostante le obiezioni di Quattro, gli sponsor chiedono ai membri di A.E.U.G. di procedere con l'attacco contro Jaburo, che servirà come un audace dichiarazione di guerra contro i Titani. Rubando diversi incrociatori presenti nel porto spaziale, A.E.U.G. mette insieme una piccola flotta e si dirige verso la Terra. Lungo la strada la Ahgama recupera un piccolo shuttle minacciato da un misterioso mobile armor; lo shuttle è pilotato da Bright Noah, in precedenza capitano della Base Bianca, il quale viene rapidamente immesso in servizio come capitano della Ahgama.

La Terra

A.E.U.G. lancia il suo grande assalto, paracadutando dozzine di mobile suit dall'orbita verso il Sud America. I piloti di A.E.U.G. incontrano una resistenza esigua, e si capiscono presto di essere finiti in una trappola; la Federazione ha praticamente abbandonato Jaburo, lasciandosi dietro una testata nucleare a tempo. I piloti di A.E.U.G. si impadroniscono di alcuni aerei da trasporto federali e fuggono appena in tempo, incontrandosi in seguito con i loro alleati terrestri, la Karaba. Lasciati i mobile suit sopravvissuti ai poco equipaggiati membri della Karaba, la maggior parte dei piloti di A.E.U.G. riparte alla volta dello spazio, e presto soltanto Camille rimane sulla Terra. Combattendo fianco a fianco con il vecchio pilota del Gundam, Amuro Ray, respinge gli attacchi dei Titani e l'aereo da trasporto dei Karaba riesce ad attraversare il Pacifico, atterrando a New Hong Kong. A New Hong Kong Camille ha un fatidico incontro con una ragazza chiamata Four Murasame, che è che un newtype artificiale, il pilota del potente Psyco Gundam dei Titani. I due giovani si innamorano a prima vista ma non riescono ad evitare di combattere tra loro. Four si rivolta contro i Titani, offrendo apparentemente la propria vita per permettere a Camille di tornare nello spazio e riunirsi con i suoi compagni di A.E.U.G.. Ritornato sull'Ahgama, Camille scopre che l'Anaheim e A.E.U.G. hanno completato lo Z Gundam, un mobile suit molto avanzato, costruito in base alle sue specifiche.

L'Operazione Apollo

Nel frattempo i Titani hanno consolidato la propria posizione. La Repubblica di Zeon, (il regime post-Zabi che controlla Side 3) si è alleata con i Titani e gli ha messo a disposizione l'asteroide-fortezza di A Bao A Qu. Dopo averlo spostato a Side 7 ed averlo ribattezzato "Gate of Sedan", i Titani trasformano questo asteroide nel proprio quartier generale. La colonia industriale Gryps viene tagliata in due ed i Titani iniziano a convertire una sezione in un gigantesco cannone laser, come il Solar Ray usato da Zeon durante la "Guerra di un Anno". Ai Titani si unisce anche il pilota Paptimus Scirocco che offre la sua completa fedeltà al loro leader, il Generale Jamitov Heimann. Guidata da Scirocco, una flotta dei Titani occupa la città lunare di Von Braun: nonostante A.E.U.G. sia presto in grado di cacciarli, il Senato Federale ne rimane impressionato, e mette le forze dell'Esercito Federale sotto il controllo dei Titani e del loro sinistro leader. Con tutto l'Esercito Federale Terrestre a loro disposizione i Titani iniziano una serie di attacchi a base di gas nervino su Side 2, considerata un rifugio per A.E.U.G.. Sulla Terra il fondatore di A.E.U.G. Brex Forra viene assassinato da agenti dei Titani e muore tra le braccia di Quattro, esortandolo a rivelare la propria identità di Char Aznable - il figlio del martire degli spaziali Zeon Zum Deikun - e a prendere il comando della resistenza.

Axis

Nel frattempo una terza forza entra in campo. L'asteroide Axis, con il suo equipaggio di esuli di Zeon, ha completato il suo lungo viaggio verso la Fascia Terrestre, e sia A.E.U.G. che i Titani di Scirocco sono ansiosi di contattare questo potenziale alleato così potente. Agli uomini della Ahgama viene concessa udienza dall'erede di Zeon Mineva Zabi, di 8 anni di età, e dalla sua reggente nonché vera leader Haman Khan. Mineva accoglie Char chiamandolo per nome, e dicendo ai membri di A.E.U.G. che egli era stato rimandato sulla Terra come agente sotto copertura. Char/Quattro, rendendosi conto che Haman ha trasformato Mineva in una semplice marionetta per i propri scopi, si scontra con lei impedendo quindi ogni possibilità di alleanza.

Africa

Saltate le possibilità di alleanza, la Ahgama si dirige nuovamente verso l'orbita terrestre per aiutare la Karaba nel loro attacco contro la base dei Titani sul Kilimangiaro in Africa. Quattro e Camille precipitano accidentalmente sulla Terra e si uniscono ai Karaba nell'attacco. Camille si riunisce nuovamente con Four, che è ritornata tra i Titani; non appena i due giovani progettano di fuggire insieme, la perenne nemesi di Camille, Jerid, li attacca uccidendo Four. La fortezza del Kilimangiaro cade, dando alla resistenza la sua prima vera vittoria, ma Camille ha il cuore a pezzi. Mentre sono in Africa, Quattro, Camille ed la Karaba visitano la capitale Federale a Dakar. Gli uomini della Karaba prendono il controllo del Senato e Quattro improvvisa un discorso, trasmesso televisivamente per tutto il mondo, nel quale sottolinea i crimini dei Titani e gli obiettivi di A.E.U.G., ed infine svela la sua vera identità quale figlio dell'eroe degli spaziali Zeon Zum Deikun. La Federazione è scossa, e ritira il proprio supporto ai Titani.

Il Colony Laser

I Titani aumentano gli attacchi ai sostenitori di A.E.U.G.. Oltre agli attacchi con i gas, usano Gryps 2, il terribile "Colony Laser" per colpire una colonia di Side 2. Le lealtà personali iniziano a cambiare - Reccoa Londo, in precedenza membro di A.E.U.G. riappare come amante di Scirocco, mentre il pilota dei Titani Rozamia Badam, un altro newtype artificiale, afferma di essere la sorellastra di Camille, scomparsa da molto tempo e si incolla al povero eroe. Mentre Gryps 2 si avvicina al quartier generale della Anaheim sulla Luna, i disperati sponsor di A.E.U.G. decidono di fare un accordo con Hamaan, promettendole di restaurare il regime degli Zabi e di mettere Side 3 sotto il suo controllo se li aiuterà a distruggere la superarma dei Titani. Haman evita di distruggere il Colony Laser, prendendone invece il controllo per i propri scopi. Si reca quindi al quartier generale dei Titani al "Gate of Sedan" per contrattare con il loro terribile capo, Jamitov. Respinta, Haman lancia l'asteroide Axis contro il "Gate of Sedan" distruggendo la fortezza e disperdendo la flotta dei Titani. Quando anche il secondo giro di negoziati fallisce, Scirocco sfrutta la confusione per uccidere Jamitov ed incolpare di questo Haman.

L'Operazione Maelstrom

A.E.U.G. lancia l'Operazione Maelstrom, riuscendo a catturare Gryps 2 dalle forze di Haman. Lo usano per deviare Axis prima che possa scontrarsi con la Luna. Nel frattempo le truppe di Scirocco eliminano Bask Om, mettendo il cospiratore a capo delle rimanenti forze dei Titani. Le truppe dei Titani di Scirocco e le truppe di Zeon di Haman si avvicinano a Gryps 2 ed alla piccola flotta A.E.U.G. di guardia. Inizia quindi una battaglia senza confini, ed i personaggi iniziano a cadere come mosche. Mentre la battaglia è in svolgimento, Scirocco entra su Gryps 2 e prova a disattivarlo. Presto lui, Quattro, Camille ed Hamaan vengono coinvolti in uno scontro a 4 nel ventre della colonia. Mentre la flotta dei Titani si avvicina, il capitano dell'Ahgama Bright, attende con ansia che i suoi piloti siano al sicuro, e quindi spara col Gryps 2 distruggendo quel che resta della flotta dei Titani. Camille e Scirocco, come Quattro ed Haman, regolano i propri conti in duello. Quattro viene messo all'angolo da Haman all'interno di un relitto, con il proprio mobile suit pesantemente danneggiato; Haman gli offre un alleanza per l'ultima volta, ma egli preferisce far esplodere la nave dove è intrappolato. Nel frattempo Camille richiama i fantasmi di Four, Rozamia, Emma e di tutti gli altri suoi cari caduti per aiutarlo a sconfiggere Scirocco, ma il suo avversario morente usa i propri poteri newtype per friggere il cervello di Camille.

Conclusione

La guerra finisce, ma le perdite sono immense. Sebbene i Titani siano stati distrutti, A.E.U.G. è stata a sua volta quasi spazzata via; Camille è l'unico pilota sopravvissuto della Ahgama, ma l'ultimo colpo di Scirocco lo ha trasformato in un vegetale. Mentre Haman si ritira con le sue truppe su Axis per preparare la prossima mossa, la Ahgama ritorna zoppicando a Side 1. Mentre i titoli di coda scorrono, quello che rimane del mobile suit di Quattro si perde nello spazio, con la cabina di pilotaggio enigmaticamente aperta.