Murrue spinge Kira nell'abitacolo dello Strike Gundam e vi sale a sua volta, quindi avvia il MS e lo fa alzare in piedi; Athrun intanto si impossessa dell'Aegis Gundam. Miguel Aiman arriva a bordo di un GINN a dar manforte ad Athrun, questi gli espone la situazione compreso il fallimento del furto dello Strike. Miguel ingaggia in battaglia lo Strike pilotato da Murrue, la quale riesce a schivare fortunosamente il primo attacco; il pilota di ZAFT sfodera la spada del suo MS e si lancia all'attacco dello Strike con l'intenzione di catturarlo. Murrue attiva la corazza Phase Shift dello Strike Gundam con il risultato che il MS, sebbene colpito, non accusa nessun danno. Athrun spiega a Miguel che lo Strike Gundam è provvisto della corazza Phase Shift e che la spada è inutile.
Atrhun decide quindi di procedere con la sua missione di portare in salvo l'Aegis e lascia a Miguel l'incombenza dello scontro. Murrue schiva l'ennesimo fendente di spada del GINN, Kira nota che la nuova posizione assunta dal Gundam è estremamente pericolosa per i suoi amici Miriallia, Tolle, Sai e Kuzzey Buskirk che corrono il rischio di rimanere schiacciati se lo Strike si sbilanciasse a seguito di una spinta del GINN; così il ragazzo prende con la forza il controllo dello Strike Gundam e spinge via Miguel; poi durante un attimo di distrazione del nemico, Kira modifica rapidamente il sistema operativo dello Strike Gundam perché lo ritiene inadeguato al MS. Miguel si riprende ed inizia un attacco con il mitragliatore, ma Kira reagisce prontamente e con un balzo evita danni al Gundam, poi estrae i suoi due coltelli d'assalto Armor Schneider e li conficca nel GINN che lo aveva seguito. Miguel attiva il meccanismo di autodistruzione del GINN ed abbandona il mobile suit prima dell'esplosione.
Natarle rinviene nell'hangar della Archangel e trova molti dei membri dell'equipaggio morti; esplorando il molo, riesce a trovare alcuni sopravvissuti. Nello spazio, la nave dell'Alleanza che aveva portato ad Heliopolis i piloti dei Gundam perde il controllo e si schianta sulla colonia, mentre Mwu continua a combattere e riesce a distruggere un GINN. Sulla Vesalius, il Capitano Ades riceve un messaggio da Miguel a proposito dello Strike Gundam, Raww immagina che la situazione debba essere seria se Miguel ha abbandonato il GINN e decide di entrare in battaglia. Un segnale viene sparato nello spazio, Mwu non capisce come mai i GINN stiano ritornando alle proprie navi, intanto Raww decolla alla volta di Heliopolis col suo CGUE e si domanda se Mwu possa percepirlo così come lui può percepire il rivale.

Miriallia benda la ferita di Murrue ancora svenuta, al suo risveglio sorprende Sai, Tolle e Kuzzey vicino allo Strike Gundam e gli spara. Kira le chiede di smettere, ma il mobile suit che hanno visto è un mezzo top secret appartenente all'Alleanza, così sotto la minaccia dell'arma da fuoco intima loro di mettersi in riga e di dire i loro nomi. Siccome i ragazzi hanno visto il Gundam Murrue non può lasciarli andare e li obbliga a rimanere con lei finché non riceverà ordini a riguardo. I 5 si rifiutano, Sai rivendica la neutralità di Heliopolis e con essa la loro cittadinanza, quindi chiedono per quale motivo l'Alleanza si trova su Heliopolis, ma Murrue in risposta spara in aria. La donna rinfaccia loro che dopo quello che hanno visto non possono più rimanere neutrali.
Mentre Mwu ispeziona l'esterno della colonia, Raww lo attacca, lo scontro è violento e li porta all'interno di Heliopolis. Natarle svolge un controllo delle condizioni dell'Archangel, dalla verifica non risultano danni considerevoli alla nave, ma il porto è distrutto. Un messaggio fortemente disturbato dalle interferenze giunge loro da Kira, Natarle intuisce che ZAFT sta dando la caccia ai Gundam così decide di avviare l'Archangel e irrompere dal molo, Arnold Neumann, un soldato, rimarca che non c'è abbastanza personale per lanciare la nave.
Sai e gli altri trovano il rimorchio dello Strike Gundam con ancora a bordo il pack Launcher Strike; Kira si prepara ad agganciare il launcher, quando Raww irrompe nella colonia e, visto lo Strike Gundam, gli si dirige incontro. Mwu però intercetta il CGUE e lo attacca, Raww però non si fa sorprendere ed avvicinatosi al Moebius Zero e gli distrugge il linear gun. Mentre anche Kira sta per unirsi alla battaglia, l'Archangel fa la sua apparizione nell'area abitativa della colonia sparando con le sue armi.
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